基因测序，简称测序，是指通过技术手段解析DNA、RNA等生物分子中的碱基序列，从而了解生命体的遗传信息。每个生物体的基因组由四种碱基组成：腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胞嘧啶（C）和胸腺嘧啶（T）。基因测序的目的就是确定这些碱基在基因组中的排列顺序，进而揭示基因组的功能、结构和演变过程。随着技术的进步，测序技术已经经历了三代的演进，从最初的低通量、长时间的测序，到如今的高通量、快速测序，测序技术不仅应用广泛，而且成为现代生物学、医学和农业等领域的关键工具。
 

　　
 

　　一代测序技术：桑格测序法

　　

　　一代测序，通常指的是1977年由弗雷德里克·桑格（Frederick Sanger）发明的桑格测序法（Sanger sequencing）。这一技术的核心原理是利用双脱氧核糖核苷酸（ddNTPs）作为链终止剂，在DNA聚合酶的作用下合成不同长度的DNA片段。每种ddNTP分别标记不同的荧光染料，最终通过电泳将片段按大小分离，借助荧光信号读取DNA序列。

　　

　　桑格测序的主要特点是其高准确性，特别适用于测序较短的DNA片段，比如单个基因或少量突变分析。在人类基因组计划中，桑格测序是主要的技术手段。然而，桑格测序的缺点也较为明显，首先是通量较低，每次只能测序一个样本的短片段。其次，桑格测序的成本较高，操作复杂且费时，因此随着生物学研究需求的增多，研究者们开始寻求更高效的测序方法。

　　

　　二代测序技术：高通量测序的崛起

　　

　　二代测序技术，也被称为高通量测序，是在2005年前后发展起来的。相比于一代测序，二代测序具有极高的通量，可以并行测序大量的DNA片段，这极大地提高了测序速度和效率。常见的二代测序平台包括Illumina、454测序和Ion Torrent测序。

　　

　　二代测序的基本原理是对多个DNA片段进行并行测序，这些片段通过某种固定的方式（如固相支持物或微珠）连接到特定的位置上，然后通过边合成边测序的方法同步读取碱基。每一个碱基被引入时，产生一个可检测的信号，最终通过大量的并行信号采集与处理，组装出完整的序列信息。

　　

　　二代测序的优势在于它的高通量，可以在短时间内完成大规模的基因组测序。例如，通过二代测序，完整的人类基因组测序成本从一代测序的数亿美元降低到数千美元，并且测序时间从数年缩短至数周甚至几天。这一技术的广泛应用推动了个体化医疗、癌症基因组学以及基因组编辑等领域的发展。

　　

　　尽管二代测序在通量和成本上具有明显优势，但其仍然存在一些不足，最主要的是它的读取长度较短。通常，二代测序的每个读长（read length）在100到300个碱基之间，这对于某些复杂的基因组区域（如重复序列或结构变异较多的区域）的测序不够理想。因此，科学家们开始探索能够提供更长读取序列的测序技术，这就催生了第三代测序技术。

　　

　　三代测序技术：长读长与单分子测序

　　

　　三代测序技术，以单分子实时测序（SMRT）和纳米孔测序为代表，克服了二代测序短读长的限制，能够提供**长读长（long-read sequencing）**的能力，显著提升了对复杂基因组区域的解析能力。

　　

　　**单分子实时测序（SMRT）**是由Pacific Biosciences（PacBio）开发的技术，通过在纳米级孔洞中检测单个DNA分子的合成过程，实现实时测序。每个碱基的加入会释放特定的荧光信号，通过实时捕捉这些信号，研究者可以获得几千甚至几万碱基长的连续序列。

　　

　　纳米孔测序是三代测序的另一个重要代表，由Oxford Nanopore Technologies开发。纳米孔测序利用纳米级的生物孔道，将DNA分子逐个拉过孔道时测量其影响的电流变化，不同的碱基会产生不同的电流信号，从而解析序列。纳米孔测序的一个显著优势在于它可以读取极长的DNA片段，甚至可以覆盖整个染色体，这为基因组的完整组装提供了极大便利。

　　

　　三代测序相比二代测序具备以下几个优势：

　　

　　长读长：可以读取数万甚至数十万碱基的连续序列，极大提高了对复杂基因组的解析能力。

　　

　　单分子测序：无需进行PCR扩增，避免了扩增过程中的偏倚和误差。

　　

　　实时测序：纳米孔测序具有快速、实时的特点，可以在测序过程中随时得到数据，这在快速诊断和应急生物学应用中具有重要意义。

　　

　　然而，三代测序也并非完美，它的准确性比二代测序稍逊色，且成本较高。尽管如此，随着技术的不断进步，三代测序的准确性在逐步提高，并且其独特的长读长优势使其在结构变异检测、全基因组组装和转录组测序等领域表现突出。

　　

　　小结

　　

　　基因测序技术从一代到三代的发展历程，代表了分子生物学研究技术的重大突破。一代测序虽然精确，但因通量限制使得其无法满足大规模基因组测序的需求；二代测序的出现带来了高通量、低成本的基因组解析，但读长的限制让它在某些复杂基因组区域的研究中显得不足；三代测序通过提供长读长和单分子测序的能力，填补了这些空白，进一步拓宽了基因组研究的边界。随着测序技术的不断迭代和进步，基因测序在医学、农业、生态学等诸多领域的应用前景也愈加广阔。